Östersjön är ett innanhav som lätt tar skada

Vattnet i Östersjön är permanent indelat i olika skikt enligt saliniteten. Det salta oceanvattnet som strömmar in via Nordsjön är tyngre och lägger sig på bottnen och i svackorna i Östersjöbäckenet. Ytskiktet är saltfattigt vatten som blandats ut med vatten från de otaliga älvarna och floderna som rinner ut i Östersjön och med regnvatten. Skiktningen förhindrar vattnet från att röra sig mellan bottnen och ytskiktet. Det syrerika ytvattnet kan inte blandas med de djupare skikten, och därför förekommer det perioder då allt syre har förbrukats i djupbäckenen. Syresituationen förbättras tidvis, omkring en gång per tio år, genom oregelbundna och upprepade saltpulser, inflöde av salt och syrerikt vatten från Nordsjön till djuphålorna i Östersjön där det blandas med bottenvattnet.

Organismerna i Östersjön är en säregen blandning av marina arter och sötvattensarter. Endast ett fåtal växt- och djurarter har anpassat sig till brackvatten, men enstaka arter kan förekomma rikligt. Näringskedjorna i Östersjön är mycket enklare än de i oceanerna. Antalet arter minskar ju längre norrut man kommer. Den låga saliniteten i norra Östersjön och de kalla vintrarna då havet fryser utgör en krävande miljö för organismerna. Många arter lever på gränsen av vad de kan tåla. Östersjöns djur- och växtliv påverkas mycket lätt av ändringar i miljön.